五大主角——红莲之瞳（火主）、黑夜之刃（雷主）、碧蓝之牙（水主）、疾风舞者（风主）、赤色岩拳（土主）构成了玩家策略的核心。为这些主角搭建阵容，首要秘诀是紧密围绕其独特的技能机制来展开。火主的核心打法在于控制与反控制，其被动技能能够强化火属性忍者，增加追打次数并提供忍术吸血能力，阵容成员的选择自然要向火属性或能与之形成战术配合的忍者倾斜。雷主则以雷遁忍体术和刀术见长，追求高频率的普攻与爆发伤害，其技能能为带有带刀标签的忍者提供强大的增益甚至免疫效果，因此队伍成员的标签和攻击方式必须与之契合。理解了主角的核心定位，从辅助、输出到生存层面去寻找能够将其战术潜力最大化的队友，便是阵容搭配的根本逻辑。
火主红莲之瞳拥有五名主角中最强的幻术造诣，擅长使用火遁进行主攻，并以瞳力进行攻防辅助。搭配时需考虑其火遁忍者强化的增益能力，选择红豆、宇智波鼬等火属性忍者能获得显著的忍术和体术提升。其镜返和催眠能力也让阵容在对抗控制型敌人时游刃有余，因此队伍可以兼容一定的控制链或者反手战术。黑夜之刃雷主的精髓在于普攻与瞬间爆发，其鬼人或无双等被动能大幅增加小队普攻伤害或次数，与凯、月光疾风等体术型或带刀忍者配合极佳。而选择武者的根性则能让全队的带刀忍者免疫不良状态，形成一支无惧控制的快攻队伍。
碧蓝之牙水主是一个多面手，集治疗、用毒和水遁输出于一身。她的神经毒素和淬毒被动能将暴击转化为混乱和中毒效果，使队伍的输出附带强力的软控制与持续伤害。搭配那些能稳定造成倒地或暴击，并以体术攻击为主的忍者，能最大化她的战术价值。水主自身的治疗和解控能力也让她能支撑起持久战，队伍可以围绕她的续航特点，构建攻守兼备的体系。疾风舞者风主则是一位强大的团队辅助，其激励之舞可以减少队友奥义冷却，查克拉激活能稳定为队伍恢复查克拉，确保大招的连贯释放。她特别擅长强化女性忍者，被动女王气势能为队中每一位女忍者提供额外的忍体术加成，与手鞠、纲手等角色搭配相得益彰。
赤色岩拳土主是队伍最坚实的盾牌，其核心能力在于为小队提供和利用护盾。被动钢体能让他在有护盾时免疫追打和不良状态，而多重硬化术等技能则能为全队叠加厚厚的防御。土主阵容的成员选择可以围绕护盾展开，例如我爱罗、手鞠等忍者在获得护盾时能激活更强大的技能特效。他的存在能让整个队伍的生存能力产生质的飞跃，为输出忍者创造安稳的环境。每位主角的定位差异鲜明，从风主的查克拉引擎到土主的护盾堡垒，理解并发挥这些专长，是组建强队的第一步。
确定了阵容的核心思路，真正的挑战在于实现队伍内部的攻防与战术平衡。一套成熟的阵容不能只追求极致的输出，还需兼顾生存、控场与查克拉循环。在以火主或雷主为核心的高输出体系中，需要搭配像我爱罗少年篇这样能提供可靠护盾的角色来吸收伤害，或者加入月光疾风这类能通过分身扰乱战场、补充控制的忍者。而围绕风主或水主构建的阵容，则可能更需要配置宇智波止水这类养成速度快、能进行回合外输出的忍者，来弥补主角本身伤害不足的短板，确保队伍在面对不同敌人时都有一战之力。
除了阵容的即时战力，资源的长期规划也是搭配艺术的一部分。游戏前期资源有限，切忌盲目追求高稀有度的忍者。将资源集中投入到与主角机制高度匹配、且容易获取和培养的核心忍者身上，比如将少年篇的鸣人、李、手鞠等升至三星解锁关键技能，远比分散投资去强抽高星忍者来得实在。装备和饰品的搭配也要讲究属性适配，为输出型主角和忍者堆叠攻击与暴击，为辅助和坦克角色侧重生命与防御，避免属性浪费。通过这样精打细算的培养，即使是平民阵容也能在竞技场和各类副本中稳步前进，为后续获取更强大的忍者奠定坚实基础。
