组建一支平衡的队伍是通关的关键。队伍需要兼顾属性克制、技能覆盖和战斗续航能力。推荐以火系、水系、电系为核心，搭配飞行系或龙系作为高速输出，同时携带格斗系或地面系应对特殊场景。超能力系和幽灵系在后期对抗毒系和格斗系天王时表现突出，但需注意防范恶系和虫系技能。队伍中至少保留一只具备冲浪、攀瀑等秘传技能的宝可梦，以应对地图探索需求。
二周目新增的七岛区域对队伍强度提出更高要求，建议优先培养火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟三只传说宝可梦。火焰鸟的火系技能能有效压制草系和冰系对手，急冻鸟的冰冻光束对龙系和飞行系有致命威胁，闪电鸟则能快速清场电系弱点的水系和飞行系敌人。需这三只神兽的等级成长曲线较陡峭，需提前规划经验分配。在灯火山、无人发电厂等特定场景中，它们能发挥关键作用。
针对四大天王的阵容特点，队伍需要针对性调整。冰系天王科拿的主力乘龙和迷唇姐惧怕电系与格斗系技能；格斗系天王希巴的怪力和沙瓦郎会被飞行系和超能力系克制；毒系天王菊子的耿鬼和叉字蝠需用超能力系或地面系应对；龙系天王的快龙家族则建议用急冻鸟的冰冻光束快速解决。在最终挑战前，建议将主力宝可梦等级提升至65级以上，并备足全复药、万能药等消耗品。
火箭队仓库任务线需要特别注意机关解谜和连续战斗。推荐携带会碎岩和怪力的宝可梦开路，同时在仓库内部遭遇的火箭队干部偏好使用毒系和恶系组合。超梦洞穴是二周目最终挑战，70级的超梦拥有极高的特攻和速度，建议使用恶系技能或高防御的钢系宝可梦承受精神干扰，再通过消耗战取胜。完成全部剧情后，训练师塔和遗迹区域将提供额外的挑战机会，可用于测试队伍极限强度。
